Es evidente la majestuosidad de las obras de arte, la arquitectura y los lienzos de excelente calidad artística perteneciente a artistas, escultores y pintores famosos como el hermano Jesuita Bernardo Bitti, Zurbarán, Matín de Loayza, Francisco de Padilla, Juan Espinoza de los Monteros, Basilio Santa Cruz, Marcos Rivera, Diego Quispe Titto, Pedro Vargas, entre otros, todos ellos de la conocida Escuela Cuqueña.
Destaca la pintura mural de la celda del Padre Salamanca, así como la Custodia elaborada en oro y exornada con piedras preciosas. Además de diversas esculturas, el púlpito, la sillería del coro y otras importantes piezas de arte.
Fundada el 10 de Agosto de 1218 en Barcelona por San Pedro Nolasco. "Según Fray Victor M. Barriga los religiosos de su orden fueron los primeros llegados al Perú. Se afirma que la presencia mercedaria en el Perú es evidente desde 1533, pues es muy probable que con Almagro a fines de 1532 pasasen de mercedarios al reino aún no fenecido de los Incas.
Cuadro de la Vida del Fundador de la Orden, en su vejez, ..."el campanero se olvidó de tocar la campana para el rezo de los maitines, entonces él fue al coro del convento, trasladado por unos ángeles", dada la precariedad de su salud. Pintura existente en el Claustro del Convento a "espaldas" de la Iglesia.
Cuadro o pintura de la Escuela Cusqueña. Representa un momento de hermosa religiosidad donde nuestra madre es coronada en el cielo.
Todas las columnas, adornadas con tallados en piedra, los pisos. Restaurados luego del terremoto del 1950.
Consta de Siete brazos denominado Menora, este candelabro de plata es una donación de la colonia Judía al Convento de la Merced en el siglo XVIII. Los candelabros servían para encender las velas en los actos litúrgicos.
Repujada en plata con columnas salomónicas helicoidales que sobresalen a ambos lados de la puerta, de estilo barroco y trabajado en el siglo XVIII. Este Sagrario servía para la reserva del Santísimo cuerpo de Cristo..
Una estupenda muestra de la técnica de la pintura en los techos abovedados y la decoración majestuosa con lámparas con innumerables piezas que realzan su belleza y forma.
Una de las joyas más valiosas del Perú de toda América del Sur, mide 1.25mts de altura y pesa 22kg. Con 250 gramos de oro maciso tiene 1518 diamantes y 615 perlas entre rubíes y esmeraldas, también se encuentra la segunda perla más grande del mundo y única en forma de sirena.
De la escuela cusqueña; representa a Nuestra Madre de la Merced, indicando al Papa, obispos, doctores de la Iglesia y a nuestro Fundador, su Concepción Inmaculada.